Biocollections

BREATHE

Notre biocollection s'appelle BREATHE “ Biocollection for REseArch in THoracic cancer “ (CHU de Nantes, accord DC-2011-1399, DC-2017-2987, responsable médicale Dr Pons-Tostivint). Tous les patients inclus ont signé un consentement (CPP Ouest IV 08/10/2020). Il s’agit d’une cohorte prospective, de vie réelle, incluant tous les patients nouvellement diagnostiqués pour un cancer pulmonaire, quel que soit le stade et l’histologie. Dans cette base de données sont recueillies des informations cliniques, biologiques, génomiques, radiologiques, socio-économiques, ainsi que toutes les informations liées aux traitements reçus. Les patients sont inclus dans la cohorte au moment du diagnostic, et suivi jusqu’au décès. La biocollection associée à cette cohorte recueille prospectivement des échantillons de plasma lors de l’initiation de traitements spécifiques par thérapies ciblées, chimiothérapie et/ou immunothérapie. Les échantillons sont prélevés au diagnostic, pendant les traitements et à la rechute, au cours des lignes thérapeutiques successives. Ces échantillons sont stockés au CRB du CHU de Nantes. A partir de ces échantillons sont extraits et analysées les vésicules extracellulaires et leurs ARNs non codants (VEs, Dr Delphine Fradin) et l’ADN tumoral circulant (ADNtc, Pr Marc Denis), afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs de réponse ou de résistance aux traitements.

La cohorte BREATHE a débuté en mars 2021, et a inclus en septembre 2023, 260 patients.

Our biocollection is called BREATHE for "Biocollection for REseArch in THoracic cancer" (CHU de Nantes, agreement DC-2011-1399, DC-2017-2987, scientific manager Dr Pons-Tostivint). All patients signed a consent form (CPP Ouest IV 08/10/2020). This is a prospective, real-life cohort including all patients newly diagnosed with lung cancer, regardless of stage or histology. The associated database includes clinical, biological, genomic, radiological, socio-economic and treatment-related information. Patients are included at diagnosis, and followed until death. Samples are collected at diagnosis, during treatment (targeted therapies, chemotherapy and/or immunotherapy) and at relapse, during successive lines of therapy. These samples are stored at the CRB of Nantes University Hospital. From these samples, extracellular vesicles (EVs, Dr Delphine Fradin) and circulating tumor DNA (ctDNA, Pr Marc Denis) are extracted and analyzed, in order to identify new biomarkers predictive of response or resistance to treatment.

This on-going biocollection started in March 2021, and includes 260 patients in september 2023.

LIQUIDES PLEURAUX

Nous possédons également une collection de liquides pleuraux (CHU de Nantes, accord DC-2011-1399, DC-2017-2987, responsable scientifique Dr Christophe Blanquart). Tous les patients inclus ont signé un consentement (CPP Ouest IV). Il s’agit d’une cohorte incluant tous les patients avec un liquide pleural et une suspicion de mésothéliome pleural malin (MPM). Le diagnostic est réalisé à postériori par le réseau d’experts nationaux MESOPATH. Une base de données cliniques est associée à cette collection d’échantillons. Les échantillons sont prélevés au diagnostic avant tout traitement. Cette collection a été initiée en 1998 et comprend à ce jour 396 liquides pleuraux provenant de patients atteints de MPM mais aussi d’autres cancers et de pathologies non malignes. Pour certains patients nous avons des prélèvements sanguins associés. Ces échantillons sont utilisés pour identifier de nouveaux biomarqueurs diagnostiques et/ou pronostiques du MPM avec un intérêt tout particulier pour ceux pouvant constituer de nouvelles cibles thérapeutiques. A partir de ces échantillons, nous avons constitué une collection de lignées cellulaires de MPM caractérisées pour leur caryotype et leur profil mutationnel. Ces lignées cellulaires constituent les outils de base à partir desquels nous développons nos projets de recherche sur l’étude du microenvironnement tumoral et le développement de nouvelles thérapies.

We also own a collection of pleural fluids from patients (Nantes University Hospital, agreement DC-2011-1399, DC-2017-2987, scientific manager Dr Christophe Blanquart). All patients included signed a consent form (CPP Ouest IV). This cohort includes all patients with pleural fluid and a suspicion of malignant pleural mesothelioma (MPM). The diagnosis is performed ‘a posteriori’ by the MESOPATH network of national experts. A clinical database is associated with this collection of samples. Samples are collected at diagnosis before any treatment. This collection was initiated in 1998 and now includes 396 pleural fluids from patients with MPM but also from patients with other cancers and non-malignant pathologies. For some patients we have associated blood samples. These samples are used to identify new diagnostic and/or prognostic biomarkers for MPM, with a particular interest in those that could constitute new therapeutic targets. From these samples, we have built up a collection of MPM cell lines characterized for their karyotype and mutational profile. These cell lines are the basic tools of our research projects on the study of the tumour microenvironment and the development of new therapies.